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| 海军总医院小儿科 |
| 海军总医院小儿科在科主任—栾佐教授的带领下，99年成功进行北京市第一例脐带造血干细胞移植，05年成功进行世界首例新生儿围产期脑损伤的神经干细胞移植，目前已成为全军和我国北方地区最大的儿童造血干细胞移植中心，国内唯一的儿科神经干细胞移植单位。亦是国内外第一家同时开展两个胚层来源，两个系统干细胞移植单位，在相关领域分别达到国内外先进水平。 |
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| 海军总医院放射肿瘤科 |
| 海军总医院肿瘤放疗中心是目前国内规模最大、专家技术力量最强、软硬件设施最好的肿瘤治疗中心之一。有当今世界最先进的头部伽玛刀、体部伽玛刀（2台），有最新一代西门子全数字化图像引导直线加速器（2台）和全身PET-CT，还有专用CT模拟定位机和热疗机等，并设立病床80余张。可以对肿瘤进行常规放疗、三维适形放疗、调强放疗、图像引导放疗，X－刀治疗、体部γ刀、头部伽玛刀治疗以及化疗、热疗等综合治疗。由全军放射治疗专业委员会委员及北京放射肿瘤学会委员聂青为学科带头人； |
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| 海军总医院神经外科 |
| 海军总医院神经外科1992年被批准为全军神经外科中心，2000年成为海军神经疾病研究所，是博士研究生联合培养点。科室现有3人享受国务院政府特殊津贴，有高级专业技术职务10人，硕士以上学位者16人。科室医疗设备先进，技术力量雄厚，设有功能神经外科、颅底肿瘤、脑外伤、脑血管病、脊髓损伤修复等五个临床专业手术组；并设有伽玛刀治疗中心、微电极治疗中心及专科监护病房以及立体定向 ( 机器人)手术室 |
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| 海军总医院神经内科 |
| 海军总医院神经内科设有卒中单元病房、神经功能康复室、脑电图室、肌电图诱发电位室、神经免疫病理室、经颅多普勒超声诊断室、智能精神状态测评室等。科室现有高级专业技术干部3人，硕士以上学位者10人。科室是解放军第二军医大学临床神经病学硕士研究生联合培养点，并承担了全军“九五”及“十五”攻关课题。 |
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| 海军总医院呼吸内科 |
| 是医院的重点学科，包括全军结节病中心，氩氦刀治疗技术国际培训基地。医疗设备先进，技术力量雄厚。拥有50张病床，年均门诊量20000余人次，年均收治患者1000余人次 |
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| 海军总医院血液科 |
液科设施齐全， 有42张普通病房床和5间层流病房 （骨髓移植病房）， 普通病房有VIP病房、 单人、双人和三人间，满足不同层次患者就医需求。实验室包括有细胞形态室、细胞培养室、低温研究室，设备有Baxter的CS3000-PLUS血细胞分离机，程控降温仪、液氮保存系统、二氧化碳培养箱、倒置显微镜、超静工作台、骨髓细胞计算机分析系统等，血液科的相关检查可以在本院、本科或者相关协作单位完成，减少了患者为了检查东奔西走的劳苦。
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| 海军总医院妇产科 |
| 海军总医院妇产科1998年被总后勤部认定为“全军计划生育、优生优育中心”，现有高级专业技术干部7名，具有硕士学位以上者8名。年均门（急）诊量35000余人次，年均收治患者1400 余人次，年均开展各类手术病房650余台次，门诊5000余台次。近年来，获军队医疗成果二等奖1项，三等奖5项。发表学术论文60余篇，主编或参编专著8部。科室拥有全套腹腔镜、宫腔镜和阴道镜，并配备了远程胎心监护仪系统和中央监护系统，全自动染色体分析仪、射频电波刀、等离子电刀和红外线辐射台等仪器设备被广泛应用于临床 。科室积极开展 围产期保健、计划生育咨询和服务等项目，新近开展妇科微创手术、妇科内分泌、妇科肿瘤及宫颈病的诊断与治疗，并取得了较好的治疗效果。 |
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| 海军总医院心血管外科 |
| 海军总医院心血管外科是具有很大发展前景的学科，近年发展较快，相继开展了多项新技术，如复杂先心病外科治疗、冠状动脉搭桥、胸主动脉夹层动脉瘤切除、瓣膜替换、心脏移植等，手术成功率高，临床效果好。尤其近年开展多项微创手术：如小切口或不停跳下行心脏直视手术，经胸壁外科介入封堵房间隔缺损，机器人辅助胸腔镜下心脏修补，不停跳下冠脉搭桥，胸主动脉夹层瘤介入支架等均取得令人鼓舞的结果。科室拥有先进仪器设备，如多功能监护仪，GE公司的多功能ECT、心血管造影系统，智能机器人系统及专为心脏设置100级层流手术室等，其为心外科患者诊治提供安全保障。 |
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| 海军总医院心血管内科 |
| 海军总医院心血管内科2000年被批准为海军心血管疾病专科中心，科室现有高级专业技术职务6名，硕士以上学位者12名，是硕士研究生联合培养点。 |
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| 海军总医院骨科 |
| 海军总医院骨科2006年被批准为全军腰椎间盘疾病诊治中心。科室现有高级技术职务5人，有硕士学位以上学位者12人，目前是第四军医大学和第二军医大学的硕博研究生联合培养点。科室以脊柱外科为中心，下设有脊柱、关节（镜）、创伤（修复重建）及骨肿瘤4个专业组 |
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